Majestát císaře Rudolfa II., který toleroval svobodu vyznání, smír mezi katolíky a protestanty nezajistil. Místní luteráni byli zahleděni do reformovaného náboženství a šířili je často značně nevybíravými prostředky. V roce 1610 se měšťané nechtěli účastnit katolického procesí a kněze zesměšňovali. Ke katolické církvi se hlásila patrně jen křížovnická fara a část venkova. V roce 1614 protestanti vystavěli nový kostel, který stával v prostoru dnešních domů čp. 26 a 27. v Husitské ulici. Kněz Jiří Klein však nebyl spokojen a přesvědčil měšťany, aby zakoupili městský farní kostel se všemi jeho příjmy. Rada třiceti stavovských direktorů, která získala vládu nad Čechami po pražské defenestraci 23. května 1618, kostel měšťanům ochotně přenechala. Byl vyhnán katolický kněz a zakázány katolické bohoslužby.
V té době zájem měšťanů o chod městského hospodářství byl nepatrný a měšťané zrušili několik důležitých hospodářských funkcí a značně ochromili hospodářskou prosperitu panství.
21. dubna 1611 došlo k velkému požáru v židovském ghettu. 6. srpna 1616 došlo k dalšímu velkému požáru, při němž lehlo popelem údajně celé hrazené jádro města.
V období stavovského povstání, které bylo namířeno proti zvolenému Ferdinandu II., dosáhlo sebevědomí tachovských měšťanů vrcholu. Odklonili se od katolického Habsburka a svoji oddanost přísahali protestantskému Fridrichu V. Falckého, který byl nekatolickou šlechtou zvolen českým králem.
V roce 1618 tachovští měšťané sestavili městskou vojenskou jednotku a bránu otevřeli vojsku generála Mansfelda, který byl v žoldu Fridricha Falckého. Tím se zcela otevřeně postavili proti císaři Ferdinandovi. Se svojí vojenskou jednotkou zaútočili na císařská vojska v blízkosti Stříbra. Císařští vojáci však zahnali v poli nezkušené měšťany k potupnému ústupu. Městská rada si od císařského podplukovníka vyžádala ochrannou stráž. Měšťané však do města znovu vpustili Mansfeldovi ozbrojence, kteří část císařských vojáků povraždili.
Drtivá porážka vojsk nekatolických stavů v bitvě na Bílé hoře 8. listopadu 1620 naděje krále Fridricha Falckého a českých nekatolických stavů pohřbila. Většina tachovských měšťanů záhy poznala, kdo má v rukou sílu a moc, ale ani tehdy se městská rada nedokázala rozhodnout, na kterou stranu se přiklonit. V prosinci 1620 přitáhl k Tachovu znovu Mansfeld a obsadil předměstí. Měšťané mu znovu otevřeli brány města a až do února 1621 protestantské vojsko vydržovali. Počátkem února k Tachovu přitáhlo císařské vojsko pod velením generála Alexandra Grotteho. Po krátkém obléhání tachovští měšťané otevřeli Dolní bránu a vojsko vpustili do města. Mansfeldovi vojáci se stáhli do hradu, kde je císařští vojáci zajali, ale zakrátko je propustili. Nenávist císařského vojska se soustředila na město, které bylo zcela vypleněno. Na radnici byla roztrhána a spálena většina starých spisů a byly ukradeny také obecní peníze a cennosti. Grotte uložil měšťanům výpalné 2000 zlatých za zachování holého života.
Účast v protihabsburském hnutí měla pro město Tachov těžké následky. Tachovští radní se navíc nedostavili k soudu na pražský hrad. Nejprve byly městu odebrány všechny statky a v říjnu 1623 byl Tachov dědičně prodán plukovníku císařské armády Janu Filipu Husmannovi z Namedy a Roilsburgu v odhadní ceně 97000 zlatých, z níž dostal slevu 8000 zlatých. V roce 1624 Husmann přikoupil vsi, které původně náležely k tachovskému panství. Tachov ztratil postavení královského města a stal se městem poddanským. Tato změna významně ovlivnila obchodní a hospodářský rozvoj prosperitu měšťanů a město Tachov se z velké části vylidnilo.
Jan Husmann nebral žádné ohledy na již neexistující práva měšťanů. Z dnešního hlediska lze Husmanna hodnotit jako pragmatického podnikatele a cílevědomého hospodáře. V očích tachovské městské rady a měšťanů však byl nepřítelem, který je postupně ožebračoval o většinu svobod a zdrojů obživy. Husmann do své pravomoci převedl obchod s vínem, solí a pivem a vybíral různé poplatky, které náležely městu. Měšťané museli zaplatit vysokou pokutu za účast v protihabsburské vzpouře. Husmann zakládal dvory, ovčíny, rybníky, reguloval potoky na plavení dříví, skupoval mlýny, pozemky a zpustlé dvory. Podnikal také v hornictví a byl zřejmě zakladatelem nejstarších skláren v tachovské části Českého lesa. V roce 1639 založil ve Světcích u Tachova klášter řádu Pavlánů a zajistil mu financování. Husmann byl císařským plukovníkem a proto často pobýval mimo Tachov.
Rod Husmannů pocházel z německého Porýní. Na italském bojišti byl přepaden a prohlášen za mrtvého. Jeho první manželkou byla Emilie Purkrabínka z Donína, která zemřela 22. prosince 1643. Druhou manželkou byla Terezie Eleonora von Ladron. Husmann měl tři dcery.
Spor mezi tachovskými měšťany a Husmannem je popsán několika dobovými archiváliemi. V roce 1624 si Husmann stěžoval, že ačkoliv mu bylo panství v roce 1623 prodáno, nikdo z měšťanů se nenavrátil ke katolické víře. V roce 1625 měli tachovští měšťané přislíbit Husmannovi poddanství před zraky císařské komise. Ani tentokrát se tachovští měšťané Husmannovi nepodrobili a předali vrchnosti pouze petici. Ke katolické víře nakonec formálně přistoupili a stejně formálně 27. září 1625 přislíbili věrnost nové vrchnosti. V tomto roce bylo v Tachově 135 opuštěných nebo zpustlých domů. Ve snaze oživit městská řemesla Husmann sepsal artikule nejvýznamnějším tachovským cechům, cechu řeznickému, pekařskému, mydlářskému, kovářskému, koželužskému, soukenickému, hrnčířskému a tkalcovskému. Ve městě v té době žilo jen asi 1000 obyvatel.
V letech 1631 až 1634 postihly město morové epidemie, které spolu s neúrodami vedly k dalšímu snížení počtu obyvatel. V roce 1640 ve městě žilo jen 38 usedlých rodin platících kontribuci a roku 1643 jen 26 rodin.
V roce 1638 se vztahy mezi měšťany a vrchností opět značně vyostřily. Vůdci odporu byli zajati a vsazeni do hradní věže. Na jaře roku 1639 bylo měšťanům nařízeno císařem věčné mlčení pod hrozbou ztráty životů a statků. V tachovském žaláři bylo uvězněno asi 20 tachovských měšťanů, kteří v květnu byli odsouzeni většinou k finančním pokutám nebo k vypovězení z českého království.
11. února 1641 na město Tachov zaútočila švédská vojska, která předtím obsadila řadu měst v česko-bavorském pohraničí. Pod hrozbou vypálení města tachovští měšťané otevřeli brány města. Vojáci vymáhali výpalné a potraviny. Zanedlouho zanechali zpustlé město svému osudu. Propustili z vězení měšťany, které Husmann vzápětí znovu nechal zatknout.
Třicetiletá válka se z náboženského sporu změnila v pouhé plenění měst a statků znepřátelených stran. 5. září 1647 část města a předměstí Gänsbühlu vypálili Švédové. V červnu 1648 Švédové zaútočili na tachovský hrad a zcela jej vyplenili. Nechali zasypat hlínou a kamením průjezdy Dolní a Zámecké brány. Konečný odchod vojsk nastal až Vestfálským mírem 24. října 1648.
Počátkem roku 1651 Husmann zemřel a město převzala jeho vdova Terezie Eleonora Husmannová. Spor s neposlušnými poddanými se přenesl na obyvatele tachovských předměstí a okolních vesnic. Měšťané začali opravovat domy, zavádět živnosti a k vrchnosti se chovali poměrně poslušně. V roce 1654 dosáhl významnější dohody s měšťany poručník Husmannových dcer svobodný rytíř Mathes Wernier. V roce 1664 Husmannovy dcery zadlužené panství prodaly říšskému hraběti Janu Antonínu Losymu z Losinthalu.